ontology: gene ontology

Gene Ontology project

Gene Ontology project หรือ GO project เกิดจากการร่วมมือกันของกลุ่มนักวิจัยที่ต้องการจัดระบบข้อมูลของ gene product ที่ได้จากฐานข้อมูลต่างๆ โดยมีเป้าหมายหลักคือ การกำหนดและควบคุมการใช้ (คำจำกัดความ, ดัชนี, คำจำเพาะ) ทางวิทยาศาสตร์ซึ่งอธิบาย gene product สามารถแบ่งกลุ่มอย่างกว้างได้สองกลุ่มคือ Molecular biology ซึ่งเกี่ยวข้องกับ กระบวนการทางชีววิทยา (biological processes) องค์ประกอบของเซลล์ (cellular components) หน้าที่ของโมเลกุลในเซลล์ (molecular functions) อีกกลุ่มคือ Annotation เป็นการอธิบายในรูปแบบคำนิยามของ Molecular biology ตามรูปที่1

รูปที่ 1 ขอบเขตของ Gene ontology

รูปที่ 2 องค์ประกอบย่อยทั้งสามของ Molecular biology
วัตถุประสงค์ในการจัดทำ gene ontology project เพื่อ
1. สร้างและเก็บรักษา ontology
2. เชื่อมโยงข้อมูลเกี่ยวกับ gene และ gene product ที่อยู่ในฐานข้อมูลต่างๆ
3. พัฒนาเครื่องมือที่จะใช้ในการเข้าถึงฐานข้อมูลนั้นๆ(ต่างๆ)ได้ง่ายขึ้น

สาเหตุที่ต้องใช้ GO browser เนื่องจากความก้าวหน้าทางเทคโนโลยี และ ความสำเร็จของ Genome projects เป็นผลให้มีข้อมูลของ gene, DNA, protein และ gene product อื่นๆมากมาย ซึ่งก่อนหน้านี้การที่นักวิจัยจะค้นหา หรือเข้าถึงข้อมูลต่างๆนี้ได้ค่อนข้างยากเนื่องจากจำเป็นที่จะต้องเข้าไปดึงข้อมูลในแต่ละฐานข้อมูลโดยตรงทำให้ยุ่งยากและเสียเวลามาก
ด้วยเหตุนี้กลุ่มนักวิจัย GO จึงได้ทำการรวบรวมข้อมูลจากฐานข้อมูลที่หลากหลายและสร้างรหัสจำเพาะขึ้นมาเพื่อเชื่อมโยงข้อมูลเหล่านั้น

ตัวอย่างการใช้ GO browser
เมื่อต้องการทราบข้อมูลต่างๆของ neuraminidase เช่น DNA sequence, Protein sequence หรือแหล่งของสิ่งมีชีวิตที่พบ

เปิด www.geneontology.org